2014/15-sæsonen resulterede i en tredjeplads og medaljer for første gang i fire år. Målsætningen forud 2015/16 var derfor at følge op på den præstation med endnu en top 3-placering, men inden spillerne kunne trække i støvlerne og gøre sig klar til at kæmpe for point, blev der skiftet ud både på spiller- og personalefronten.
I juni blev Troels Bech ansat som ny sportsdirektør i klubben. Han erstattede Per Rud, og Troels Bech gik straks i gang med at trimme truppen, så den stod snorlige til sæsonstarten.
Efter adskillige imponerende sæsoner i klubben og en kåring som årets spiller i Brøndby IF i 2014 blev Lukas Hradecky solgt til Eintracht Frankfurt. Nikolai Laursen blev solgt til PSV, Kristian Andersen tog til HB Køge, mens Alexander Szymanowski blev fritaget af sin kontrakt.
Derudover forlod en række spillere klubben på lejeaftaler og som følge af kontraktudløb. Heriblandt kan nævnes Ferhan Hasani, Michael Falkesgaard, Mads Nielsen, Patrick Da Silva, Michael Almebäck og Ariel Nuñez.
Men der kom også spillere den modsatte vej. Rodolph Austin, Jesper Juelsgård, Mads Toppel, Frederik Rønnow og Magnus Eriksson blev hentet til klubben. Samtidig vendte Malthe Johansen tilbage fra sit lejeophold i FC Porto, og så blev Ronnie Schwartz lejet i fransk Guingamp.
Dermed havde truppen taget form, men Thomas Frank og spillerne kom haltende ud af startblokken. Efter tre nederlag og en enkelt uafgjort kom første sejr i femte runde, da Viborg FF blev slået hele 4-0 på udebane.
Sæsonens første sejr var i hus, og den blev fulgt op af sejre over henholdsvis SønderjyskE og FC Nordsjælland, mens græske PAOK blev endestationen i Europa League. Dermed glippede drømmen om europæisk gruppespil i playoff-runden, men til gengæld var pointhøsten skudt i gang i Alka Superligaen.
Herefter bød efteråret generelt på flere flotte præstationer. De blågule sammensatte en stime på ni ubesejrede kampe, hvoriblandt FC København blev slået 1-0 på hjemmebane, mens OB fik en øretæve på 5-2 i Odense. Samtidig blev Brøndby IF klar til kvartfinalen i pokalturneringen, som skulle spilles i foråret, efter sejre over Holbæk og HB Køge.
På den negative front måtte spillerne to gange se sig besejret af AaB med cifrene 1-4 og 0-2. Den pointmæssige sløve start på sæsonen betød, at status ved vinterpausen lød på en femteplads med to point op til SønderjyskE på fjerdepladsen. Brøndby IF formåede dog at hente 29 point i de seneste 15 kampe, hvilket gav tro og optimisme forud for forårssæsonen.
Kamil Wilczek og David Boysen var nye ansigter i spillertruppen efter vinterpausen. Derudover blev Daniel Stückler rykket op i førsteholdstruppen, og Patrick Da Silva vendte retur fra sit ophold i Randers FC.
Brøndby IF hjalp ligeledes en række spillere videre i karrieren. Fredrik Semb Berge blev efter et lejeophold i Molde solgt tilbage til Odd, hvorfra han i sin tid blev solgt til Brøndby IF. Elbasan Rashani og Dario Dumic blev begge lejet ud, og sidstnævnte skiftede senere på permanent basis til NEC Nijmegen i den hollandske liga. Derudover blev Ronnie Schwartz sendt videre til Esbjerg fB, mens klubben blev enig med Michael Almebäck om at ophæve samarbejdet.
Efter en træningsturnering i Portugal blev forårssæsonen indledt mod den onde ånd fra Hobro. I fire møder, siden nordjydernes oprykning i den forrige sæson, måtte spillerne gå slukørede fra banen. Fire nederlag og en målscore på 0-8 blev pointeret flittigt blandt eksperter og journalister frem mod kampen. Men nu skulle det være. Nyindkøbte Kamil Wilczek scorede kampens enlige mål – den dårlige stime mod Hobro IK var brudt, og forårssæsonen blev skudt i gang med tre point.
Sejren blev fulgt op af en 3-0-sejr over Skive IK i pokalturneringen, som resulterede i to semifinalebrag mod FC København. Herefter lykkedes det dog aldrig for de blågule at finde rytmen kontinuerligt. Kun én gang efter sejrene over Skive og Hobro formåede Brøndby IF at vinde to kampe i træk. Resultaterne svingede fra 2-1-sejr over AGF den ene weekend til et 3-0-nederlag i Aalborg weekenden efter. Samtidig glippede pokalfinalen efter to tætte kamp mod FC København og et samlet 2-1-nederlag.
Det var dog langt fra kun spillet inden for kridtstregerne, der løb med opmærksomheden. I marts besluttede Thomas Frank at forlade cheftrænerposten, da han ikke længere kunne se sig selv som en del af projektet i Brøndby IF. Det var resultatet af en uoverensstemmelse med daværende bestyrelsesformand Jan Bech Andersen. I samme ombæring besluttede Claus Nørgaard ligeledes, at det var tid for ham til at prøve noget nyt ved udgangen af sæsonen.
Auri Skarbalius valgte at sige ja til at overtage tøjlerne frem til sæsonens afslutning. Auris anden periode som cheftræner for klubbens førstehold var med en målsætning, der hed medaljer. Brøndby IF befandt sig i en tæt kamp mod FC Midtjylland og SønderjyskE om henholdsvis anden- og tredjepladsen, mens førstepladsen så småt begyndte at være tilsidesat til FC København.
En af de mest spændende og bemærkelsesværdige kampe i både Auris periode og i hele sæsonen fandt sted i 30. spillerunde, hvor holdet gæstede Esbjerg fB. Nede med 2-0 ved pausen leverede spillerne en mandfolkeindsats. På to mål af Teemu Pukki og en hovedstødsscoring i sidste minut af Johan Larsson fik de blågule alle tre point med hjem, hvilket betød, at der for alvor var liv i medaljekampen.
- Det er den bedste følelse i verden. Alle fortjener ros for den her sejr. Vi var nede 2-0, men samtlige folk var der mentalt og kæmpede videre. Holdet viste karakter, sagde Lebogang Phiri efter sejren. Han blev suppleret af tomålsskytten fra kampen, Teemu Pukki, som påpegede, at spillerne viste mod og mandshjerte i den imponerende anden halvleg.
Comeback-sejren var dog ikke nok til at hive bronzemedaljerne hjem til Vestegnen for anden sæson i træk. Hjemmenederlag i de sidste runder mod Viborg og SønderjyskE var der ikke råd til, og derfor løb SønderjyskE med sølvet, mens FC Midtjylland satte sig på bronzemedaljerne.
Fjerdepladsen rakte dog til, at de blågule igen ville være med i bowlen, når der skulle trækkes lod til Europa League-kvalifikationen.
