Holdet forberedte sig i januar 2010 til forårssæsonen på en usædvanlig måde, da man tog til Sydafrika, nærmere bestemt Johannesburg, for at spille tre træningskampe. Blandt andet mod samarbejdsklubben Bidvest Wits, der har en række lovende spillere, hvilket de viste, da de sejrede med 2-1. Sydafrika var en rigtig spændende oplevelse, og det bliver sikkert ikke sidste gang, at klubben tager derned.
Med hakkende spil og ingen sejre i de første fire SAS Liga-kampe fik foråret 2010 en meget skuffende start for Kent Nielsen og Brøndby-holdet, og i slutningen af marts førte det til et trænerskifte. En gammel kending og klublegende Henrik Jensen trådte til som ny cheftræner, i hvad der er hans tredje periode som træner i Brøndby.
Efter en lang og flot karriere som aktiv fungerede han som assistenttræner for Ebbe Skovdahl og vendte siden tilbage som cheftræner for kvinderne og gled igen over som assistenttræner for herrerne i 2008, denne gang under Tom Køhlert. Henrik Jensen havde følgende kommentar til sin tilbagevenden, der foreløbig kun gjaldt for resten af sommeren:
- Jeg er Brøndby-mand og vil gerne ind og hjælpe klubben. Jeg mener, som jeg også har sagt tidligere, at truppen er en af de stærkeste i SAS Ligaen. Der er både styrker og svagheder i truppen, og der vil nok ske nogle små justeringer. Jeg er selvfølgelig ked af det på Kents vegne. Når det er sagt, så ser jeg frem til opgaven, som handler om at få engagementet og troen på egne evner tilbage. Det er en god trup, som jeg glæder mig meget til at arbejde sammen med.
Stærkt comeback
Henrik Jensen havde blot tre dage til at forberede holdet til næste opgave i SAS Ligaen, og det blev til en lille triumf, da man på flotteste vis satte sig på kampen fra start og scorede tre mål i første halvleg i 3-1 udesejren mod SønderjyskE. I næste runde viste holdet høj moral, da de nede 0-2 fightede sig tilbage i hjemmekampen mod Silkeborg og fortjent fik hevet 2-2 i land. Henrik Jensens tropper kom hurtigt tilbage på sejrsporet med to udebanesejre over HB Køge og OB. Besøgene i Odense var efterhånden ved at blive gjort til en fin tradition med smalle sejre over de stærke fynboer.
Svingende præstationer i de næste fire kampe, deriblandt et nederlag hjemme til FCK for anden gang i foråret samt en sejr over de århusianske rivaler også på Brøndby Stadion, gav kun fire point, og det betød, at målet om top 3 og dermed en utrolig vigtig Europa League plads kom til at knibe gevaldigt med tre runder igen. Således lå Brøndby IF blot nr. 6 med fire point op til AaB på 3. pladsen og med Esbjerg, FCM, FCN og Silkeborg inde i kampen om bronzemedaljerne. FCK og OB havde på dette tidspunkt næsten allerede havde fordelt guld og sølv imellem sig.
Det gik dog over al forventning med tre kanonkampe, som førte til ni point og en målscore på 9-3. 31. spillerunde i Herning viste et uhyre effektivt Brøndby-mandskab, som satte midtjyderne til vægs med 4-2 efter en tidlig 3-0 føring, og den sejr blev fulgt op af overbevisende indsats hjemme mod et AaB, der ikke fik et ben til jorden i 2-0 kampen, der gav minder om de store tider.
Det hele kulminerede i Randers, hvor begge mandskaber kunne lade sig hylde i regnen. Randers fordi, de trods nederlaget klarede frisag i bunden af rækken, og Brøndby IF fordi de igen fik medaljer hængt om halsen. Det var en nervepirrende afslutning på sæsonen, hvor mange på stadion, inklusiv bestyrelsesformand Per Bjerregaard, havde travlt med at følge med i andre resultater over radioen, da man ikke havde skæbnen i egne hænder.
Per Bjerregaard rundede i sin blog på brondby.com sæsonen af med bl.a. følgende kommentar:
- Sæsonen var hård at komme igennem. Bortset fra enkelte undtagelser, så kom spillet først til at fungere den sidste tredjedel af sæsonen. Til gengæld var spillet i de sidste fire kampe i perioder virkeligt godt, og pointhøsten på 23 i de sidste 11 kampe lover godt for den kommende sæson. Glædeligt har det været, at spillerne på banen har vist, at de hver især og tilsammen rummer stort potentiale. Nogle af de mest udskældte personer på og omkring holdet bør glæde sig og virkelig tage de seneste resultater til sig.
Henrik Jensen forlænger
Efter en lykkelig sæsonafslutning blev man d. 9. juni 2010 enig med cheftræneren om at fortsætte samarbejdet. Udover det havde man allerede ansat Jan Groth Møller i en ny stilling med titlen sportslig koordinator, der havde til hensigt at styrke både det administrative og sportslige omkring den professionelle afdeling og frigive ressourcer. Jan Groth Møller var hentet i amatørafdelingen, hvor han fortsat fungerede som ungdomsformand.
Senere på måneden blev den svenske stopper Jon Jönsson solgt til Elfsborg efter et forløb i Brøndby IF, der i høj grad blev spoleret af skader. Denne sommer så også en anden, men mere succesfuld svensker, rykke fra klubben, da midtbaneslideren Samuel Holmén blev solgt til tyrkiske Istanbul B.B. Spor. Derudover blev Jacob Berthelsens kontrakt ophævet, mens man fik brasilianske Bruno Fressato Cardoso ind på en etårig lejeaftale. Den brasilianske angriber fandt sig dog aldrig til rette i klubben.
For at forbedre udviklingen for talenterne blev 09/10-sæsonen den sidste optræden for Brøndby IF's 2. hold i divisionerne. I stedet blev DBU's Reserveholdsturnering indført, hvor man om efteråret spiller en geografisk opdelt reserveturnering, der om foråret bliver afgjort mellem de bedste reservehold fra hele landet. Det betød, at U21-truppen blev skåret ned til otte talenter, der blev indlemmet i den nye A-talent trup.
Kolossal bitterhed
Sæsonen blev for alvor indledt 15. juli, hvor der var Europa League-kvalifikation på programmet. Modstanderen var FC Vaduz fra miniputlandet Liechtenstein. De blev let sendt hjem med et 3-0 nederlag, og via en nullert i returopgøret var Brøndby IF klar til 3. kval-runde i EL mod Buducnost Podgorica. Her gik det også relativt problemfrit med en samlet sejr på 3-1.
Efter en angrebsmæssig glimrende start på Superligaen blev det alligevel til et ærgerligt nederlag mod Randers, da defensiven ikke holdt stand. De gode takter fortsatte i de næste tre kampe, der alle resulterede i sejre, og således var der lagt godt fra land. Alt det ændrede sig imidlertid, da vi rendte ind i storholdet Sporting Club de Portugal fra Lissabon i Portugal.
Efter en vidunderlig aften i Lissabon med en fantastisk 2-0 sejr, der hører blandt de helt store præstationer i Europa, blev det igen til et bittert returopgør, da man i lighed med sidste år mod Hertha Berlin smed det hele til sidst, og således igen missede Europa League-gruppespillet.
Over 20.000 tilskuere skabte en fantastisk Europa Cup stemning, og det fik anfører Max von Schlebrügge til at takke publikum:
- På vegne af hele truppen vil jeg gerne sige tak til de mere end 20.000 tilskuere på stadion i går. Det de leverede var simpelthen 'värdsklass'! Velkomsten var fantastisk, men da kampen blev fløjtet i gang og hele stadion stod med armene om hinanden, hoppede og råbte sangen ud, var det virkelig stort at rende rundt på banen.
I den hjemlige liga gik det heller ikke helt efter planen med to uafgjorte i træk, men nederlaget til Sporting Club de Portugal var øjensynligt med til at sætte en større nedtur i gang. Det blev sidst i august til endnu en uafgjort, denne gang mod Lyngby, hvor Remco van der Schaaf nettede et hattrick, men spillet var bestemt ikke positivt. En 3-1 sejr over SønderjyskE fik humøret lidt tilbage, men med endnu et nederlag i Parken og en forfærdelig pokalkamp i Varde, hvor ingen kunne være indsatsen bekendt, var Brøndby IF røget ned i et hul, hvor der ingen lette løsninger var.
En kedelig serie på otte Superligakampe gav kun en enkel sejr, men mod slutningen af oktober var det som om, Henrik Jensens tropper havde fået ny inspiration, og det begyndte at gå fremad igen. Efteråret sluttede med syv kampe som ubesejrede, hvoraf de fem blev vundet, og der var igen grobund for optimisme.
En legende ind - en legende ud
Midt i oktober blev en gammel kending hentet tilbage til førsteholdet. Ole Bjur der op gennem 90'erne havde betaget Brøndbyfans med sit elegante fløjspil vendte tilbage, i første omgang som konsulent der skulle agere sparringspartner for trænerteamet, mens han sideløbende passede et fuldtidsjob. På årets andensidste dag blev konsulentjobbet vekslet til en stilling som sportschef fra marts 2011. I den forbindelse udtalte Bjur:
- For mig vil den rigtige spillefilosofi indebære, at Brøndby IF skal spille både effektivt og underholdende fodbold. Vi skal have initiativet i alle kampe og være et boldbesiddende samt aggressivt spillende hold. Derudover er højt tempo i spillet både med og uden bold et nøgleord. Det skal der til for at gøre sig helt i toppen herhjemme og i international fodbold. Alle disse ting stiller høje krav til spillernes fysik, teknik og taktiske forståelse, og derfor er det vigtigt, at samtlige spillere hele tiden efteruddanner sig på disse områder. Spillemæssigt har der været rigtig gode tendenser i efteråret, men vi skal kunne spille sådan i 90 minutter over en hel sæson.
Manden med næstflest førsteholdskampe i Brøndby IF's historie, Per Nielsen, forlod til gengæld klubben, da han tog til Hvidovre og blev cheftræner for 1. divisionsholdet. Et specielt farvel da Per Nielsen havde været i klubben, siden han var barn.
- Det er med blandede følelser, at jeg nu forlader Brøndby. Der er ingen tvivl om, at klubben betyder meget for mig og har givet mig utrolig meget, så Brøndby vil altid have en særlig plads i mit hjerte. Omvendt så føler jeg, at tiden nu er moden til, at jeg kommer ud og står på egne ben så at sige. Jeg er klar til at stå med ansvaret selv og føler, at jeg har en masse at tilbyde som træner. Jeg håber da, at jeg en dag kan arbejde i Brøndby-regi igen. Det er, når alt kommer til alt, min klub, og det vil det blive med at være, lyder det afslutningsvist fra Per Nielsen.
I november blev den amerikanske landsholdsspiller Clarence Goodson hentet på fri transfer fra norske IK Start.
- Jeg er utrolig glad for, at jeg er blevet enig med Brøndby IF om en kontrakt, og jeg glæder mig meget til at starte i klubben til januar. Jeg har været i Norge i to et halvt år, og det var nu tid til at komme videre. Derfor er jeg meget glad for, at jeg nu skal spille for en af Skandinaviens største klubber. Jeg kender især Brøndbys tidligere flotte resultater i de europæiske turneringer, og jeg ser frem til at blive en del af den historie og forhåbentlig gentage succeserne.
2010 var generelt et år præget af store uroligheder og udsving rundt omkring hele klubben, hvor sammenholdet kom på en alvorlig prøve med udskiftninger i bestyrelse og direktion samt fanprotester på og udenfor stadion.